Er zijn veel verschillen. Beide eiwitten komen uit melk, deze bevat van nature ongeveer 80% caseïne en 20% whey eiwit. Whey eiwit lost in zijn geheel op, caseïne eiwit gaat in 'suspensie' d.w.z. dat het niet oplost maar rondzweeft in de vloeistof. Caseïne is gelukkig wel heel fijn van structuur dus het geeft geen klontjes. De caseïne shake is van nature ook een stuk dikker dan een shake met whey eiwit.
Het belangerijkste verschil is de opname (of afgifte) snelheid. Caseíne wordt langzaam opgenomen, dit kan wel 7 uur duren. Whey (isolaat) wordt relatief snel opgenomen (ongeveer 2 uur) en is daarom beter geschikt voor trainingen. Qua aminozuurprofiel ontlopen de eiwitten elkaar niet heel veel, maar dat is een geheel ander verhaal..

dus welke kan ik het beste nemen. train minimaal 4 keer per week.

Als je een shake zoekt om voor of na de training te nemen, dan kies je voor de whey isolaat. Zoek je een eiwitshake die ook goed je honger stilt, dan kies je voor caseïne.
Voor de rest zijn ze redelijk goed uitwisselbaar. Caseïne is iets beter voor afslanken, whey is iets beter voor spieropbouw.